药物过敏。药物流动时应使用两种药物，一种是米非司酮，另一种是米索前列醇，这两种药物都会使用者过敏。尤其是米索前列醇，过敏人群较多，部分患者服用后体温升高，全身发抖。因此，药物流动必须在医院、医生的监督和抢救措施下进行。
出血过多。一般来说，堕胎手术在十分钟内结束，药物流动持续时间相对较长，因此药物流动出血会比流动更多。严重者会出现贫血，甚至因大出血休克的患者也会被送往急诊室。下次来月经时，更多的女性会出血更多。当出血明显超过月经量时，患者应及时到医院就诊，并可使用催产素等促进子宫收缩的药物。
药流失败。药物流产仍有一定比例的不完全流产和流产失败的可能性，此时需要补药或改用人工流产，患者应做好心理准备。临床统计显示，药流患者完全流产的比例为92%，不全流产约占5%，流产失败约占3%。